Research Engineer – Modeling and Algorithm Development in Cancer emergence

The Inria research centre in Lyon is the 9th Inria research centre, formally created in January 2022. It
brings together approximately 320 people in 19 research teams and research support services.
Its staff are distributed in Villeurbanne, Lyon Gerland, and Saint-Etienne.
The Lyon centre is active in the fields of software, distributed and high-performance computing,
embedded systems, quantum computing and privacy in the digital world, but also in digital health and
computational biology.

Position Overview
We are seeking a Research Engineer to develop an algorithm capable of tracking cellular lineages at the individual scale while modeling key macroscopic dynamics. The originality of this project is to leverage similarities between cellular lineages in the hematopoietic niche and the oral mucosa, and yet address essential differences (regulation in hematopoiesis ; spatial component in oral mucosa), to attain an actionable algorithm. The interest of this algorithm is that it will allow to numerically simulate various scenarios of mutant emergence, and to correlate these scenarios with clinically observed patient symptoms.

The selected candidate will work at ENS Lyon under the direct supervision of Céline Bonnet (CRCL/Inria Lyon) and will collaborate closely with two Biology teams:

• CRCL (Lyon), focusing on oral mucosa research, under the leadership of Pierre Saintigny.

• IRSL (Paris, Institut de Recherche St Louis), studying acute myeloid leukemia (AML) under the leadership of Raphaël Itzykson.

and two mathematicians Hélène Leman (CRCL/Inria Lyon) and Vincent Bansaye (Ecole Polytechnique, Paris).

La personne recrutée sera amenée à développer des théorèmes mathématiques poussés en convergence de processus stochastiques et estimation de lois conditionnées. Elle devra également développer des softwares informatiques pour modélisation efficacement et facilement la dynamique d'émergence de cancer à la fois pour des dynamiques régulées et spatialisées.

Principales activés (5 maximum) : Recherche et rédaction d'article.

Activités complémentaires (3 maximum) : Bibliographie

Compétences techniques et niveau requis : compétences dans l'étude des mesures ponctuelles de poisson exigées et dans le développement optimisé d'algorithme stochastique spatialisé sous python.

Langues : Francais et anglais

Compétences relationnelles : Espérience dans les collaborations interdisciplinaires.

Compétences additionnelles appréciées : Avoir déjà travaillé avec des données biologiques.

• Restauration subventionnée
• Transports publics remboursés partiellement
• Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
• Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
• Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
• Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
• Accès à la formation professionnelle
• Sécurité sociale

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Subsidised meals
Partial reimbursement of public transport costs
Holidays: 7 weeks of annual leave + 10 days of RTT (full-time basis) + possibility of special leave (e.g. sick children, moving house)
Possibility of teleworking (after 6 months of service) and flexible working hours
Professional equipment available (videoconferencing, IT equipment loans, etc.)
Social, cultural and sporting activities (Inria Social Works Management Association)
Access to professional training
Social security

A partir de 2 692 € brut mensuels (selon expérience et qualifications).

From €2,692 gross monthly (depending on experience and qualifications).