2019-01315 - Développement de plugin pour une plateforme de recherche pour l'imagerie médicale
The offer description below is in French

Contract type : Public service fixed-term contract

Level of qualifications required : Graduate degree or equivalent

Fonction : Temporary scientific engineer

Corps d'accueil : Ingénieur d'Etudes / Ingénieur de Recherche (IE/IR)

Level of experience : Recently graduated

About the research centre or Inria department

Inria, l’institut national de recherche dédié aux sciences du numérique, promeut l'excellence scientifique et le transfert pour avoir le plus grand impact.
Il emploie 2400 personnes. Ses 200 équipes-projets agiles, en général communes avec des partenaires académiques, impliquent plus de 3000 scientifiques pour relever les défis des sciences informatiques et mathématiques, souvent à l’interface d’autres disciplines.
Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a accompagné la création de plus de 160 start-up.
L'institut s’efforce ainsi de répondre aux enjeux de la transformation numérique de la science, de la société et de l’économie

Context

France Life Imaging (FLI) est une infrastructure de recherche nationale visant à établir un réseau coordonné et
harmonisé pour l'imagerie biomédicale en France. Ce projet a été sélectionné lors de l’appel à projet des
investissements d’Avenir « Infrastructure en Biologie et Santé ». Sa mission est (1) de coordonner à l’échelle
nationale les activités de recherche en imagerie in vivo et d’unir les compétences pour repousser les barrières
technologiques actuelles, et (2) de fournir aux scientifiques un accès commode à un éventail complet de
technologies d'imagerie (150 systèmes d'imagerie) et de services intégrés et harmonisés. En outre,
l'infrastructure sera ouverte à des collaborations avec des partenaires industriels.
Dans le cadre de cette infrastructure, le noeud “Image Analysis and Management” (IAM) est coordonné par Inria
(http://www.inria.fr). L’objectif de ce noeud est la mise en place d’une infrastructure logicielle et matérielle pour
la gestion des données d’imagerie médicale (homme et petit animal) en provenance de différents centres de
recherche clinique.
Dans ce cadre, nous souhaitons élargir l’utilisation de cette plateforme. Aujourd'hui medInria, développé par
Inria (http://med.inria.fr), est un des logiciels visualisateurs / traiteurs d’images dans FLI-IAM. medInria est
disponible en open-source et distribué comme une application desktop (Linux, Mac, Windows). Boutiques
(http://boutiques.github.io/) est un outil cloud qui permet automatiquement de publier, intégrer et exécuter
des applications sur les plateformes numériques et utilise dans FLI-IAM, par ex. dans VIP
(https://vip.creatis.insa-lyon.fr), pour héberger les applications de traitement d'images (Docker ou Singularity).

Assignment

L’objectif principal de ce poste d’ingénieur Inserm est le développement de plugins medInria pour intégrer des
plateformes Boutiques (fournissant des pipelines de traitement d’images FLI) dans l’interface graphique
conviviale et intuitive de medInria. Dans le scenario ideal, l'utilisateur effectue une recherche avec un mot clé,
par exemple FSL, dans un champ de recherche dans medInria. medInria se connecte alors à l'index
d'applications proposé par Boutiques et renvoie une liste des applications de traitement d'images disponibles et
leurs identifiants uniques. L'utilisateur choisit l'application souhaitée et saisit ensuite ses entrées, par exemple
par drap-and-drop. medInria appelle alors Boutiques pour démarrer l'application et affiche par la suite les
résultats (après leur importation). En interne, Boutiques télécharge le conteneur Docker ou Singularity
correspondant et l'exécute. La communication entre medInria et Boutiques est réalisée via la ligne de
commande en utilisant bosh, le shell des Boutiques.

Main activities

Connaissances requises :
• Formation de haut niveau en informatique (Ingénieur université ou grande-école) spécialisé en
traitement d’images ou du signal
• Expérience de 1-2 ans en développement informatique
• Très bonnes connaissances du langage C++ et des outils de développement associés
• Connaissance de Python
• Maîtrise de Qt et connaissance de ligne de commande
• Rigueur, autonomie et curiosité technique pour s’impliquer dans un projet multidisciplinaire et multiéquipes
• Bonnes capacités pour communiquer en anglais
• Connaissance du domaine de l’imagerie médicale et du traitement d’images serait un plus



Skills

• Formation de haut niveau en informatique (Ingénieur université ou grande-école) spécialisé en
traitement d’images ou du signal
• Expérience de 1-2 ans en développement informatique
• Très bonnes connaissances du langage C++ et des outils de développement associés
• Connaissance de Python
• Maîtrise de Qt et connaissance de ligne de commande
• Rigueur, autonomie et curiosité technique pour s’impliquer dans un projet multidisciplinaire et multiéquipes
• Bonnes capacités pour communiquer en anglais
• Connaissance du domaine de l’imagerie médicale et du traitement d’images serait un plus

Benefits package

  • Restauration subventionnée
  • Transports publics remboursés partiellement
  • Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
  • Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
  • Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
  • Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
  • Accès à la formation professionnelle
  • Sécurité sociale

Remuneration

Rémunération mensuelle brute à partir de 2562 euros selon diplôme et expérience