2020-03022 - Post-Doctorant F/H Développement de modèles statistiques pour l'analyse de survie pour le mélanome cutané
The offer description below is in French

Level of qualifications required : PhD or equivalent

Fonction : Post-Doctoral Research Visit

About the research centre or Inria department

Le centre de recherche Inria Saclay – Île-de-France, créé en 2008, accueille 450 scientifiques et 60 membres des services d’appui à la recherche. Les scientifiques sont organisés en 28 équipes de recherche dont 23 sont communes avec des partenaires du plateau de Saclay.

Le centre Inria Saclay - Île-de-France est un acteur essentiel de la recherche en sciences du numérique sur le plateau de Saclay. Il porte les valeurs et les projets qui font l’originalité d’Inria dans le paysage de la recherche : l’excellence scientifique, le transfert technologique, les partenariats pluridisciplinaires avec des établissements aux compétences complémentaires aux nôtres, afin de maximiser l’impact scientifique, économique et sociétal d’Inria

Context

Xpop est une équipe commune Inria-Ecole Polytechnique, membre du Centre de Mathématiques Appliquées de l'X (CMAP). L'objectif principal de Xpop est de développer de nouvelles méthodes solides et rigoureuses de modélisation statistique dans le domaine de la biologie et des sciences de la vie. Ces méthodes de modélisation comprennent des méthodes statistiques d'estimation, des diagnostics de modèles, la construction et la sélection de modèles ainsi que des méthodes pour les modèles numériques (systèmes d'équations différentielles ordinaires et partielles). Historiquement, le principal domaine dans lequel ces méthodes ont été utilisées est la pharmacocinétique des populations. Toutefois, le cadre est actuellement étendu à des modèles numériques sophistiqués dans le contexte de la dynamique virale, des processus glucose-insuline, de la croissance des tumeurs, de la médecine de précision, de la spectrométrie, des processus intracellulaires, etc.

En outre, un objectif important de l'Xpop est de transférer les méthodes développées dans des logiciels afin qu'elles puissent être utilisées dans la pratique quotidienne.

Xpop collabore avec l'équipe de Biologie Moléculaire de l'X et l'Institue Curie dans le cadre d'un projet InCA (Institut National du Cancer) portant sur l'étude du mélanome cutané qui est un cancer mortel à cause de sa capacité à métastaser, c'est-à-dire à disséminer des cellules tumorales dans tout l'organisme.

Le mélanome cutané est un cancer dont la tumeur primaire peut facilement être enlevée par chirurgie. Cependant, ce cancer est de mauvais pronostic, car les mélanomes se métastasent souvent et rapidement. De nombreux mélanomes sont dus à une exposition excessive aux UV mutagènes du soleil ou des bancs solaires. En conséquence, la charge mutationnelle des mélanomes est généralement élevée.

Xpop est principalement impliqué dans la tâche 1 du projet : Identifier les dérégulations et les mutations de la voie ARP2/3 chez les patients atteints de mélanome.

Ce projet peut représenter une avancée significative dans la médecine de précision du mélanome cutané.

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Assignment

Missions :

L'association de la surexpression ou de la dérégulation de chaque marqueur avec un mauvais pronostic en termes d'invasion des ganglions lymphatiques régionaux, de métastases et de survie, sera examinée à l'aide de l'analyse univariée et multivariée classique. Il s'agira ensuite de développer des modèles statistiques spécifiques pour l'analyse de survie afin d'associer des facteurs de pronostic à chaque composition de complexes. En effet, il faut mettre en œuvre la contrainte supplémentaire selon laquelle chaque sous-unité doit être alimentée par une de plusieurs sous-unités paralogues (notons qu'une méthode originale développée précédemment par Xpop a déjà été appliquée avec succès aux données du complexe WAVE dans le cancer du sein).

Les modèles et algorithmes développés seront implémentés dans un logiciel R dédié.

Collaboration :

La personne recrutée sera en lien avec l'équipe de Cytosquelette et morphogénèse cellulaire​ du laboratoire de Biologie de l'école Polytechnique.

 

Main activities

Le candidat retenu devra mener des recherches novatrices sur le sujet proposé et sera en mesure de les valoriser rapidement en co-écrivant des articles et en faisant des présentations dans des conférences.

Le logiciel R sera utilisé pour l'implémentation des méthodes développées et l'analyse des données.

Skills

des compétences en statistique computationnelle et une  bonne connaissance du logiciel R sont demandées.

Benefits package

  • Restauration subventionnée
  • Transports publics remboursés partiellement
  • Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
  • Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
  • Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
  • Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
  • Accès à la formation professionnelle
  • Sécurité sociale

Remuneration

2 653€ brut/mois