Développeur pour l'infrastructure cloud d'imagerie médicale

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The offer description be low is in French

Contract type : Fixed-term contract

Renewable contract : Yes

Level of qualifications required : Graduate degree or equivalent

Fonction : Temporary scientific engineer

Level of experience : Up to 3 years

About the research centre or Inria department

Le centre Inria de l'Université de Rennes est un des neuf centres d’Inria et compte plus d'une trentaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d’innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l’enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique

Context

Dans le cadre d’un programme RHU (recherches hospitalo-universitaires, 5 ans) avec le CHU de Rennes : RHU PRIMUS

Le RHU PRIMUS (PRojection In MUltiple Sclerosis) vise à mettre au point un outil d’aide à la décision médicale destiné aux neurologues prenant en charge des patients atteints de sclérose en plaques (SEP). Les mesures basées sur les données IRM du cerveau et de la moelle épinière sont les plus puissantes marqueurs de l'activité de la maladie, de la réponse au traitement et de l'invalidité ou progression du handicap chez les patients atteints de SEP. Cependant, leur utilisation reste sous-optimale en pratique clinique.

L'objectif général du WP 3 est de optimiser leur utilisation en extrayant automatiquement les métriques pertinentes des données d'imagerie. La cohort OFSEP-HD (base de donnée nationale sur la sclérose en plaques) avec 3.000 patients va etre traiter avec plusieurs algorithmes spécialisés pour extraire ces mesures dans le contexte de ce poste.

Le poste peut etre renouveler 2 fois durant la durée de RHU, 3 ans en total.

L’ objectif est de développer sur une infrastructure cloud dédié (Shanoir+VIP) au stockage et traitement des images médicales.

Shanoir (SHAring iN vivO Imaging Resources) est une plateforme web qui permet le partage d'images médicales in-vivo, avec leurs métadonnées, pour la recherche clinique et préclinique. L'origine du logiciel est la neuroimagerie, mais la plateforme est aujourd'hui parfaitement utilisable pour tous types d'organes et de pathologies. Shanoir permet l'import de données "brutes" issues des différentes méthodes d'acquisition : DICOM (MR, CT, PT, NM), Bruker (préclinique), EEG (EDF + BrainVision) et données "traitées" : NIfTI + Analyze. Shanoir-NG est une application web "cloud native" développé avec Angular, Spring Boot 3 et Docker.

VIP est une plateform web pour le traitement des images. En collaboration avec l'équipe VIP (Creatis, CNRS, Lyon), Shanoir et VIP sont utiliser pour stocker et traiter les images en binom.

 

Assignment

Missions : Avec l'aide de responsable pour le développment Shanoir, la personne recrutée sera amenée à developper dans Shanoir.

Main activities

Principales activités de développement logiciel :

  • Continuation de travail d'ingenieur existant dans le projet (transfer de savoir-faire)
  • Integration et lancement des traitements externes, par-ex. pour
    • une nouvelle version de l'auto-detection des sequences IRM (protocole OFSEP)
    • plusieurs versions de deux algorithmes de ségmentation
  • Maintenir une gestion de traitement d'une cohort (3.000 patients) avec ces pipelines
  • Developper sur l'integration, stockage, affichage et transfer des resultats des traitements
  • Travailler sur la controle de qualité des images IRM importé et la qualité des resultats

Activités complémentaires :

  • Tester, modifier jusqu’à valider les nouvelles fonctionalités
  • Rédiger la documentation sur GitHub
  • Participer à la roadmap de Shanoir
  • En fonction d'experience
    • Gestion de projet
    • Interaction avec les partners de RHU

 

Skills

Diplômes scientifiques et competences techniques :
- Formation supérieure en informatique (université ou grande école), spécialisée en développement logiciel
- 1 à 2 ans d'expérience en développement logiciel
- Bonne connaissance de Java, Java/Jakarta Enterprise et de la programmation Web
- Bonne capacité en anglais technique et scientifique et en pratique orale
- Bonus :
--- Connaissances dans le domaine de l'imagerie médicale et du traitement d'images

Benefits package

  • Prise en charge partielle des frais de transport en commun sur le trajet domicile-travail ou
    FMD.
  • Restauration subventionnée
  • Prise en charge partielle des frais de mutuelle
  • Possibilité de télétravail (à hauteur de 90 jours annuels) et d'aménagement du temps de travail

Remuneration

Rémunération mensuelle brute à partir de 2695 euros selon diplôme et expérience