Ingénieur de recherche : outils d'analyse de données microbiennes en santé des plantes.
Contract type : Fixed-term contract
Level of qualifications required : Graduate degree or equivalent
Fonction : Temporary scientific engineer
Level of experience : Recently graduated
About the research centre or Inria department
Le centre Inria de l’université de Bordeaux est un des neuf centres d’Inria en France et compte une vingtaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d’innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l’enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique…
Context
Dans le cadre du projet GETUP (projet Parsada porté par Corinne Vacher, UMR SAVE, INRAE) nous recrutons un ou une ingénieure de recherche pour développer des pipelines d'analyse de données microbiennes en santé des plantes.
La personne recrutée aura 3 objectifs principaux: 1) elle développera des biomarqueurs de santé des communautés microbiennes de la vigne. Pour cela, elle poursuivra des recherches déjà initiées dans l'équipe. 2) elle construira des pipelines d'analyse de données de suivi de populations microbiennes automatisant le suivi de ces biomarqueurs. 3) elle produire une interface (de type Shiny ou jupyter notebook) mettant en forme ces résultats de façon à faciliter un diagnostic de santé des communautés microbiennes.
Assignment
Missions :
Avec l'aide de l'équipe Pléiade, la personne recrutée sera amenée à poursuivre le développement d'outils d'analyse de données omiques, basées sur des techniques de réduction de dimension (NMF, NMF couplée). Un objectif fort est l'obtention in fine d'interfaces utilisables par des utilisateurs externes et l'automatisation de la production de graphique servant de tableau de bord pour l'analyse de données microbiennes.
Collaboration :
La personne recrutée sera en lien avec les membres du projet GETUP, en particulier avec les membres de l'équipe d'écologie microbienne de l'UMR SAVE (INRAE).
Responsabilités :
La personne recrutée a la charge du développement informatique des interfaces et prendra des initiatives pour assurer l'accessibilité des outils développés.
Main activities
Principales activés (5 maximum) :
- développement d'outils de réduction de dimension basé sur la NMF
- automatisation des pipelines d'analyse
- développement d'une interface (type shiny ou jupyter) produisant des graphiques (tableau de bord) synthétisant l'analyse de données microbiennes.
Skills
Compétences techniques et niveau requis :
- des compétences en statistiques grandes dimension, méthodes de réduction de dimension et data sciences sont nécessaires (niveau M2).
- programmation (python ou R).
Langues :
- Français
- Parler anglais est un plus
Compétences relationnelles :
- A l'écoute, curieux ou curieuse, dynamique.
Benefits package
- Restauration subventionnée
- Transports publics remboursés partiellement
- Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
- Possibilité de télétravail et aménagement du temps de travail
- Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
- Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
- Accès à la formation professionnelle
- Sécurité sociale
Remuneration
Le salaire mensuel sera entre 2692€ brut et 3085€ brut (selon l'expérience)
General Information
- Theme/Domain :
Computational Biology
Statistics (Big data) (BAP E) - Town/city : Talence
- Inria Center : Centre Inria de l'université de Bordeaux
- Starting date : 2025-11-01
- Duration of contract : 6 months
- Deadline to apply : 2025-08-31
Warning : you must enter your e-mail address in order to save your application to Inria. Applications must be submitted online on the Inria website. Processing of applications sent from other channels is not guaranteed.
Instruction to apply
Si vous êtes intéressés par cette offre, merci de bien vouloir candidater via le site jobs.inria avec les documents suivants :
- cv
- lettre de motivation
Defence Security :
This position is likely to be situated in a restricted area (ZRR), as defined in Decree No. 2011-1425 relating to the protection of national scientific and technical potential (PPST).Authorisation to enter an area is granted by the director of the unit, following a favourable Ministerial decision, as defined in the decree of 3 July 2012 relating to the PPST. An unfavourable Ministerial decision in respect of a position situated in a ZRR would result in the cancellation of the appointment.
Recruitment Policy :
As part of its diversity policy, all Inria positions are accessible to people with disabilities.
Contacts
- Inria Team : PLEIADE
-
Recruiter :
Labarthe Simon / Simon.Labarthe@inria.fr
The keys to success
La personne recrutée aura un bagage solide en data science ainsi que des compétences avérées en programmation (python ou R). Une première expérience de développement de pipeline serait appréciée sans être indispensable.
En forte interaction avec des collègues écologues microbiens, la personne recrutée devra faire preuve de pédagogie et être à l'écoute des remarques qui lui sont faites.
Se sentir à l'aise dans un environnement de dynamique scientifique, aimer apprendre et écouter sont des qualités essentielles pour réussir cette mission
About Inria
Inria is the French national research institute dedicated to digital science and technology. It employs 2,600 people. Its 200 agile project teams, generally run jointly with academic partners, include more than 3,500 scientists and engineers working to meet the challenges of digital technology, often at the interface with other disciplines. The Institute also employs numerous talents in over forty different professions. 900 research support staff contribute to the preparation and development of scientific and entrepreneurial projects that have a worldwide impact.