Ingénieur de recherche F/H pour la gestion de données participative sur les plantes
Contract type : Fixed-term contract
Renewable contract : Yes
Level of qualifications required : Graduate degree or equivalent
Fonction : Temporary scientific engineer
Level of experience : Recently graduated
About the research centre or Inria department
Le centre Inria de Lyon est le 9ème centre de recherche Inria. Créé en janvier 2022, il regroupe environ 300 personnes au sein de 17 équipes de recherche et des services supports à la recherche.
Ses équipes sont localisées à Villeurbanne, à Lyon Gerland, ainsi qu’à Saint-Etienne.
Le centre de Lyon est présent dans les domaines du logiciel, du calcul distribué et haute performance, des systèmes embarqués, du calcul quantique et de respect de la vie privée dans le monde numérique, mais aussi de la santé et de la biologie numériques.
Context
Le projet "FLOWERS" financé par l'Agence Nationale pour la Recherche réunit des chercheurs en informatique, biologie évolutive, botanique, écologie, à Rennes, Montpellier, Lyon, et Sydney.
Son objectif est de comprendre le succès évolutif des plantes à fleur à partir de l'évolution de traits morphologiques, fonctionnels, écologiques. Les données morphologiques permettront en plus de construire des clefs d'identification des plantes, et les relier à leurs usages ethnobotaniques ou agro-écologiques.
Dans ce cadre nous recrutons un.e ingénieur.e à Lyon pour mettre en place une plateforme pour la gestion participative des données.
Le poste est financé par l'Inria Lyon, partenaire du projet FLOWERS, et est basé au laboratoire de biométrie et biologie évolutive, sous la responsabilité de Eric Tannier et Philippe Veber. Le laboratoire est largement multidisciplinaire (génomique, écologie, santé).
Il y aura des occasions de déplacement à Rennes ou Montpellier pour rencontrer les personnes impliquées.
Assignment
Nous maintenons une base de données collaborative sur les plantes à fleurs (traits morphologiques, fonctionnels, écologiques, ethnobotaniques) qui vont être utilisés à plusieurs fins : - l'identification des plantes sur des petits espaces géographiques avec un outil communautaire - l'étude de l'évolution de traits reproductifs et leur association avec les taux de diversification Nous avons besoin de développer - un schéma de description des données évolutif qui permette de progressivement remplir les deux types de besoins. - un outil numérique qui permette la saisie participative des données par des utilisat·eurs·rices authentifiées. - des protocoles d'import - export des données pour permettre l'interopérabilité avec des sources externes. Afin de mettre ces éléments au point nous recrutons un.e ingénieur.e d'étude spécialisé.e en développement web et manipulation de données, motivé.e par l'évolution et les plantes, connaissant si possible OCaml.
Main activities
Principales activés (5 maximum) :
- Analyser les besoins des partenaires
- Proposer des solutions pour la gestion participative des données
- Développer une plateforme implémentant cette solution
- Rédiger la documentation
- Tester, modifier, valider
- Animer une communauté d’utilisateurs
Skills
Les savoir-faire utiles pour le projet sont :
- programmation web côtés client et serveur, notamment une expérience avec les bibliothèques de visualisation de données ou d'interfaces utilisateurs telles que Vuejs, React ou d3js
- parsing / unparsing de données dans les formats d'échange standards (JSON par exemple), développement d'analyseurs syntaxiques dédiés
- des notions de programmation fonctionnelle (utilisation préalable d'un langage fonctionnel fortement typé comme OCaml, Rust, Scala, F# ou Haskell)
- bonnes connaissance des techniques et outils de génie logiciel (suivi de version, documentation, test unitaire, intégration continue, forges logicielles)
Il n'est bien entendu pas nécessaire de maîtriser tous ces aspects pour candidater
D'autre part il est préférable d'avoir un intérêt pour les plantes et la botanique, et une volonté d'apprendre à reconnaître les plantes, même si aucun prérequis n'est exigé.
Benefits package
- Restauration subventionnée
- Transports publics remboursés partiellement
- Congés : 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
- Possibilité de télétravail (90 jours par an flottants) et aménagement du temps de travail (sauf pour les stagiaires et apprentis)
- Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
- Accès à la formation professionnelle
- Participation employeur mutuelle santé (sous conditions)
Remuneration
A partir de 2 692 € brut mensuel selon expérience et diplômes.
General Information
- Theme/Domain :
Computational Biology
Biologie et santé, Sciences de la vie et de la terre (BAP A) - Town/city : Villeurbanne
- Inria Center : Centre Inria de Lyon
- Starting date : 2024-11-04
- Duration of contract : 11 months
- Deadline to apply : 2024-07-10
Warning : you must enter your e-mail address in order to save your application to Inria. Applications must be submitted online on the Inria website. Processing of applications sent from other channels is not guaranteed.
Instruction to apply
Les candidatures doivent être déposées en ligne sur le site Inria.
Le traitement des candidatures adressées par d'autres canaux n'est pas garanti.
Sécurité défense :
Ce poste est susceptible d’être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST). L’autorisation d’accès à une zone est délivrée par le chef d’établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l’arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement.
Defence Security :
This position is likely to be situated in a restricted area (ZRR), as defined in Decree No. 2011-1425 relating to the protection of national scientific and technical potential (PPST).Authorisation to enter an area is granted by the director of the unit, following a favourable Ministerial decision, as defined in the decree of 3 July 2012 relating to the PPST. An unfavourable Ministerial decision in respect of a position situated in a ZRR would result in the cancellation of the appointment.
Recruitment Policy :
As part of its diversity policy, all Inria positions are accessible to people with disabilities.
Contacts
- Inria Team : BEAGLE
-
Recruiter :
Tannier Eric / eric.tannier@inria.fr
The keys to success
Vous devez être à l'aise en programmation, si possible en ocaml et programmation web, être motivé.e par la botanique (aucune connaissance préalable nécessaire dans ce domaine), la biologie évolutive, les sciences participatives
Des interactions régulières avec les partenaires seront nécessaires.
About Inria
Inria is the French national research institute dedicated to digital science and technology. It employs 2,600 people. Its 200 agile project teams, generally run jointly with academic partners, include more than 3,500 scientists and engineers working to meet the challenges of digital technology, often at the interface with other disciplines. The Institute also employs numerous talents in over forty different professions. 900 research support staff contribute to the preparation and development of scientific and entrepreneurial projects that have a worldwide impact.