Ingénieur de recherche F/H pour la gestion de données participative sur les plantes

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Type de contrat : CDD

Contrat renouvelable : Oui

Niveau de diplôme exigé : Bac + 5 ou équivalent

Fonction : Ingénieur scientifique contractuel

Niveau d'expérience souhaité : Jeune diplômé

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

Le centre Inria de Lyon est le 9ème centre de recherche Inria. Créé en janvier 2022, il regroupe environ 300 personnes au sein de 17 équipes de recherche et des services supports à la recherche.

Ses équipes sont localisées à Villeurbanne, à Lyon Gerland, ainsi qu’à Saint-Etienne.

Le centre de Lyon est présent dans les domaines du logiciel, du calcul distribué et haute performance, des systèmes embarqués, du calcul quantique et de respect de la vie privée dans le monde numérique, mais aussi de la santé et de la biologie numériques.

 

Contexte et atouts du poste

Le projet "FLOWERS" financé par l'Agence Nationale pour la Recherche réunit des chercheurs en informatique, biologie évolutive, botanique, écologie, à Rennes, Montpellier, Lyon, et Sydney.

Son objectif est de comprendre le succès évolutif des plantes à fleur à partir de l'évolution de traits morphologiques, fonctionnels, écologiques. Les données morphologiques permettront en plus de construire des clefs d'identification des plantes, et les relier à leurs usages ethnobotaniques ou agro-écologiques.

Dans ce cadre nous recrutons un.e ingénieur.e à Lyon pour mettre en place une plateforme pour la gestion participative des données.

Le poste est financé par l'Inria Lyon, partenaire du projet FLOWERS, et est basé au laboratoire de biométrie et biologie évolutive, sous la responsabilité de Eric Tannier et Philippe Veber. Le laboratoire est largement multidisciplinaire (génomique, écologie, santé).

Il y aura des occasions de déplacement à Rennes ou Montpellier pour rencontrer les personnes impliquées.

 

Mission confiée

Nous maintenons une base de données collaborative sur les plantes à fleurs (traits morphologiques, fonctionnels, écologiques, ethnobotaniques) qui vont être utilisés à plusieurs fins :

- l'identification des plantes sur des petits espaces géographiques avec un outil communautaire
- l'étude de l'évolution de traits reproductifs et leur association avec les taux de diversification


Nous avons besoin de développer

- un schéma de description des données évolutif qui permette de progressivement remplir les deux types de besoins.
- un outil numérique qui permette la saisie participative des données par des utilisat·eurs·rices authentifiées.
- des protocoles d'import - export des données pour permettre l'interopérabilité avec des sources externes.


Afin de mettre ces éléments au point nous recrutons un.e ingénieur.e d'étude spécialisé.e en développement web et manipulation de données, motivé.e par l'évolution et les plantes, connaissant si possible OCaml.

Principales activités

 

 

Principales activés (5 maximum) :

 

  • Analyser les besoins des partenaires
  • Proposer des solutions pour la gestion participative des données
  • Développer une plateforme implémentant cette solution
  • Rédiger la documentation
  • Tester, modifier, valider
  • Animer une communauté d’utilisateurs

Compétences

Les savoir-faire utiles pour le projet sont :

  •  programmation web côtés client et serveur, notamment une expérience avec les bibliothèques de visualisation de données ou d'interfaces utilisateurs telles que Vuejs, React ou d3js
  •  parsing / unparsing de données dans les formats d'échange standards (JSON par exemple), développement d'analyseurs syntaxiques dédiés
  •  des notions de programmation fonctionnelle (utilisation préalable d'un langage fonctionnel fortement typé comme OCaml, Rust, Scala, F# ou Haskell)
  •  bonnes connaissance des techniques et outils de génie logiciel (suivi de version, documentation, test unitaire, intégration continue, forges logicielles)

Il n'est bien entendu pas nécessaire de maîtriser tous ces aspects pour candidater

D'autre part il est préférable d'avoir un intérêt pour les plantes et la botanique, et une volonté d'apprendre à reconnaître les plantes, même si aucun prérequis n'est exigé.

Avantages

  • Restauration subventionnée
  • Transports publics remboursés partiellement
  • Congés : 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
  • Possibilité de télétravail (90 jours par an flottants) et aménagement du temps de travail (sauf pour les stagiaires et apprentis)
  • Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
  • Accès à la formation professionnelle
  • Participation employeur mutuelle santé (sous conditions)

Rémunération

A partir de 2 692 € brut mensuel selon expérience et diplômes.