2018-00902 - Ingénieur(e) R&D pour le développement d’un environnement de simulation de systèmes dynamiques à structure dynamique, appliqué à la modélisation de la morphogénèse du vivant

Type de contrat : CDD de la fonction publique

Contrat renouvelable : Oui

Niveau de diplôme exigé : Bac + 5 ou équivalent

Autre diplôme apprécié : Justifier d'une qualification équivalente à celle d'un ingénieur

Fonction : Ingénieur scientifique contractuel

Niveau d'expérience souhaité : Jeune diplômé

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

Le centre de recherche Inria Grenoble Rhône-Alpes regroupe un peu moins de 800 personnes réparties au sein de 35 équipes de recherche et 9 services support à la recherche.

Ses effectifs sont distribués sur 5 campus à Grenoble et à Lyon, en lien étroit avec les laboratoires et les établissements de recherche et d'enseignement supérieur de Grenoble et Lyon, mais aussi avec les acteurs économiques de ces territoires.

Présent dans les domaines du logiciel, du calcul haute performance, de l'internet des objets, de l'image et des données, mais aussi de la simulation en océanographie et en biologie, il participe au meilleur niveau à la vie scientifique internationale par les résultats obtenus et les collaborations tant en Europe que dans le reste du monde.

Contexte et atouts du poste

Contexte

L’équipe Mosaic (MOrphogenesis Simulation & Analysis In siliCo) est une équipe Inria récemment créée sur le thème de la modélisation de la morphogenèse des plantes et des animaux. L’équipe Mosaic à laquelle vous serez affecté fait partie de l’UMR 5667 RDP (Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes) basée à l'Ecole Normale Supérieure de Lyon.

Informations :

Equipe Inria Mosaic (https://www.inria.fr/equipes/mosaic)

Laboratoire de Reproduction et Développement des Plantes (http://www.ens-lyon.fr/RDP)

Mission confiée

Missions

Sous la responsabilité du directeur d’équipe et de l’ingénieur en charge du développement de la nouvelle plateforme logicielle de l’équipe Mosaic, vous aurez comme principal objectif la réalisation d’un système générique permettant l’exécution de simulations numériques de formes en développement. Vous serez notamment responsable de l’implémentation du système générique de simulation des systèmes dynamiques à structure dynamique, et participerez au développement d’un moteur de simulation biomécanique des tissus végétaux, sur la base d’outils existants de calcul scientifique (solveurs numériques et bibliothèques FEM) et des travaux antérieurs de l’équipe. Vous serez également chargé(e) de leur intégration au sein de la plateforme Gnomon actuellement développée par l’équipe, à laquelle vous prendrez donc une part majeure.

Cette plateforme permettra à terme de charger des structures représentant des objets biologiques (tissus cellulaires 3D, géométries arborescentes) de les visualiser, de définir des scénarios de modélisation des systèmes étudiés (croissance du tissu, transport vasculaire) à partir d’une bibliothèque de modèles existants ou de modèles développés au sein même de la plateforme, puis d’exécuter les simulations numériques et d’en explorer les résultats. Elle repose sur un noyau logiciel C++ développé par Inria (dtk) et intègrera les bibliothèques scientifiques développées, majoritairement en Python, par l’équipe Mosaic.

Vous serez ainsi amené(e) à collaborer avec les modélisateurs en biophysique de l’équipe pour l’intégration des modèles issus de leurs travaux dans le système de simulation mis en place, ainsi qu’avec les ingénieurs en génie logiciel responsables de l’architecture de la plateforme.

Vous vous intégrerez dans la dynamique logicielle de l’équipe en participant aux sessions collectives de développement, en contribuant à la mise en place de tests unitaires et fonctionnels, et en mettant à la disposition des contributeurs et des utilisateurs de la plateforme documentation, exemples et tutoriaux.

Principales activités

Activités principales

  • Concevoir et développer en C++ un système générique de simulation
  • Implémenter un moteur de simulation biomécanique à l’aide de bibliothèques FEM
  • Intégrer les développements dans l’architecture de la plateforme logicielle Gnomon
  • Participer aux discussions scientifiques (brainstorming, conceptualisation)
  • Participer à l’animation logicielle de l’équipe (groupes de travail, coding sprints)

Compétences

Profil recherché

  • Formation en informatique et/ou mathématiques appliquées
  • Connaissance approfondie du calcul scientifique et de la simulation numérique
  • Compétences solides en programmation en C++ et/ou Python scientifique
  • Bonnes connaissances du développement et de l’architecture logicielle
  • Capacité à travailler et à communiquer dans un environnement anglophone
  • Ouverture d’esprit et goût pour l’interdisciplinarité (idéalement biologie végétale et ou animale)
  • La connaissance de bibliothèques logicielles pour les FEM serait un plus
  • Une expérience en lien avec la biophysique ou la mécanique serait un plus

Avantages sociaux

  • Restauration subventionnée
  • Transports publics remboursés partiellement
  • Sécurité sociale
  • Congés payés
  • Aménagement du temps de travail
  • Installations sportives

Rémunération

Salaire : 2 632 € brut / mois, selon expérience et diplôme