2019-01323 - Doctorant(e) F/H [Campagne AR 2019 - PhD Thesis ] - Prise en compte de la structure temporelle dans l’analyse statistique de données protéomiques à haut débit (H/F).

Type de contrat : CDD de la fonction publique

Contrat renouvelable : Oui

Niveau de diplôme exigé : Bac + 5 ou équivalent

Fonction : Doctorant

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

Le centre de recherche Inria Lille – Nord Europe, créé en 2008, compte 360 personnes dont 305 scientifiques répartis dans 16 équipes de recherche. Reconnu pour son implication forte dans le développement socio-économique sur le territoire du Nord – Pas-de-Calais, le centre de recherche Inria Lille – Nord Europe poursuit une démarche de proximité avec les grandes entreprises et les PME. En favorisant ainsi les synergies entre chercheurs et industriels, Inria participe au transfert de compétences et d’expertises dans les technologies numériques et donne accès aux meilleures recherches européennes et internationales au bénéfice de l’innovation et des entreprises notamment en région.

Contexte et atouts du poste

Ce sujet de recherche s’inscrit dans une collaboration inter-disciplinaire entre l’équipe-projet Inria MODAL, l’EA2694 (Université de Lille, CHU Lille) et l’U1167 (INSERM, Université de Lille, Institut Pasteur de Lille et CHU Lille).

 

* Ce projet est subventionné par la Région des Hauts de France.

 

Mission confiée

Le but de la thèse est de développer une nouvelle méthode statistique de sélection de variables dans un contexte prédictif où les mesures sont répétées dans le temps sur des milliers de variables simultanément. Il s’agira en particulier d’identifier de nouveaux biomarqueurs circulants explicatifs du remodelage ventriculaire gauche (RVG) chez des patients atteints d’infarctus du myocarde (IM). Pour cela, des données issues d’une technologie protéomique à haut débit (SOMASCAN) seront analysées. L’originalité de l’approche statistique à développer se situe dans le fait que les variables explicatives (protéines) sont observées à différents instants dans le temps. Pour l’application clinique, l’étude REVE-2 sera utilisée pour découvrir les potentiels biomarqueurs pour le diagnostic précoce du RVG après un IM. Ceux-ci seront validés à partir des données protéomiques de l’étude REVE. Des résultats sont attendus à fois sur le plan méthodologique en biostatistique et sur le plan clinique.

Principales activités

Principales activés :

- développer une méthode de sélection de variables dans un contexte prédictif où les mesures sont répétées dans le temps sur des milliers de variables simultanément;

- implémenter un package R.

Activité complémentaire :

- analyser les données protéomiques des études concernées, en lien avec les données cliniques disponibles.

Compétences

Compétences techniques et niveau requis : Bac +5 en Statistique

Langues : Anglais

Compétences relationnelles : capacité à travailler en équipe inter-disciplinaire

 

Avantages

  • Restauration subventionnée
  • Transports publics remboursés partiellement

Rémunération

Salaire mensuel brut 1ère et 2ème année : 1982€

Salaire mensuel brut 3ème année : 2085€