2019-01732 - Post-Doctorant(e) F/H Analyse d’images de tissus multicellulaires

Type de contrat : CDD de la fonction publique

Contrat renouvelable : Oui

Niveau de diplôme exigé : Thèse ou équivalent

Fonction : Post-Doctorant

Contexte et atouts du poste

L'INRIA a développé une forte expertise en modélisation mathématique des systèmes biologiques avec applications médicales. Collaborant étroitement avec des cliniciens de plusieurs hôpitaux français et allemands renommés et l'un des meilleurs instituts de biologie et de toxicologie en Allemagne, il travaille depuis de nombreuses années sur le foie, développant des modèles de lésions et de régénération du foie, notamment des lésions tissulaires de la micro-architecture du foie. Il est actuellement impliqué dans différents projets, parmi lesquels l'étude de la fibrose et de la cirrhose pour aider au développement de traitements cliniques, le développement d'un foie créé par bioingénérie ainsi que l'étude de l'intoxication hépatique due au paracétamol.
Récemment, les activités se sont également étendues à d'autres maladies telles que le lymphome du système nerveux central, où des méthodologies similaires peuvent être appliquées.

Mission confiée

La position sera sous la direction principale de D. Drasdo. Le travail s'inscrit dans une collaboration avec l’Hôpital Paul Brousse & Kremlin-Bicêtre / INSERM, l’Hôpital Universitaire La Pitié Salpêtrière, Paris, Inst. Curie et l’équipe INRIA Monc / Bordeaux au sein de deux projets, l’un financé par l’ANR, l’autre par la Natl. Inst. du cancer en France. Cela nécessite des rencontres régulières avec les médecins.

Le candidat doit développer des méthodes d'analyse d'images et des pipelines pour quantifier les informations d'images principalement histologiques. Cela concerne des images de la micro-architecture du foie, des systèmes in vitro et des lymphomes du système nerveux central (PCNSL). Les informations tirées des images seront ensuite utilisées pour configurer, paramétrer et valider des modèles mathématiques mécanistiques. Par conséquent, l'intérêt et / ou les compétences en modélisation sont les bienvenus.

Comme nous fournissons également à nos partenaires un logiciel d'analyse d'images, nous encourageons la mise en place de pipelines dans TiQuant (Friebel et al., Bioinformatics, 2015).

La personne recrutée doit rencontrer les cliniciens et coordonner nos activités d'analyse d'images avec des partenaires internes et externes.

Principales activités

  • Analyse d'images histologiques cliniques et d'images issues de modalités d'imagerie non invasives.
  • Implementation dans un logiciel réutilisable, par exemple TiQuant. Ce dernier permet une utilisation directe aux partenaires biologiques et cliniques et la mise en place de pipelines dans des environnements cliniques.
  • Interaction et coordination des activités de nos groupes avec nos partenaires de l’Hôpital Universitaire La Pitié Salpêtrière, Paris, Inst. Curie et l’équipe INRIA Monc / Bordeaux.
  • Reporting oraux et écrits sur nos activités.

Compétences

Compétences techniques et niveau requis: analyse d'images, programmation, idéalement en C / C ++ et matlab en raison des codes existants. Les systèmes d'exploitation sont Linux, Windows et MacOX.

Langues: anglais obligatoire, le français serait souhaitable.

Ouverture à d'autres cultures scientifiques; travail au sein d'une équipe internationale.

Avantages

    • Subsidized meals
    • Partial reimbursement of public transport costs
    • Leave: 7 weeks of annual leave + 10 extra days off due to RTT (statutory reduction in working hours) + possibility of exceptional leave (sick children, moving home, etc.)
    • Possibility of teleworking (after 6 months of employment) and flexible organization of working hours
    • Professional equipment available (videoconferencing, loan of computer equipment, etc.)
    • Social, cultural and sports events and activities
    • Access to vocational training

Rémunération

  • Location: Paris 12ème
  • Gross Salary per month: according to experience

 

Security and defense procedure:

This position is likely to be situated in a restricted area (ZRR), as defined in Decree No. 2011-1425 relating to the protection of national scientific and technical potential (PPST).

Authorisation to enter an area is granted by the director of the unit, following a favourable Ministerial decision, as defined in the decree of 3 July 2012 relating to the PPST. An unfavourable Ministerial decision in respect of a position situated in a ZRR would result in the cancellation of the appointment.