Type de contrat : CDD
Niveau de diplôme exigé : Thèse ou équivalent
Fonction : Post-Doctorant
A propos du centre ou de la direction fonctionnelle
The Inria Sophia Antipolis - Méditerranée center counts 34 research teams as well as 7 support departments. The center's staff (about 500 people including 320 Inria employees) is made up of scientists of different nationalities (250 foreigners of 50 nationalities), engineers, technicians and administrative staff. 1/3 of the staff are civil servants, the others are contractual agents. The majority of the center’s research teams are located in Sophia Antipolis and Nice in the Alpes-Maritimes. Four teams are based in Montpellier and two teams are hosted in Bologna in Italy and Athens. The Center is a founding member of Université Côte d'Azur and partner of the I-site MUSE supported by the University of Montpellier.
Contexte et atouts du poste
BIOCORE team applies mathematical and computational methods from Control Theory and Dynamical Systems to the study of models of biological networks (genetic networks, metabolic networks, signaling networks...) and microbial community in bioreactors.
See: http://team.inria.fr/biocore
Web page of JL Gouze http://www-sop.inria.fr/members/Jean-Luc.Gouze/JLGouze-eng.html
Web page of Olivier Bernard http://www-sop.inria.fr/members/Olivier.Bernard/
see also IBIS web page https://team.inria.fr/ibis/
Mission confiée
Within the framework of the ANR project Ctrl-AB, the general aim is to exploit complex microbial communities in bioreactors system to optimize some productivity criteria via real-time control.
A mathematical model, defined by a system of non-linear ordinary differential equations, will be proposed to describe and control a microbial community of Escherichia coli bacteria and green algae Chlorella vulgaris growing together in a continuous bioreactor. The aim is to optimize the productivity of lipids by microalgae, based on the mutualistic interaction between the two species.
The first main task is to design this dynamical model (in collaboration with Ibis group, Inria Grenoble), to calibrate it, to study the stability of equilibria, the possible bifurcations, and in particular the possibility of coexistence of the two populations.
The second task will be to develop theoretical approaches to control the system (several controls are possible) to manage the composition of the communities, and to optimize some criterion or biomolecules of interest (e.g. lipid production). This task will also be done in collaboration with Ibis, Inria Grenoble.
Principales activités
Some references
C. Baroukh, V. Turon, and O. Bernard. Dynamic metabolic modeling of heterotrophic and mixotrophic
microalgal growth on fermentative wastes. PLOS Computational Biology, 13(6):1–18, 2017.
M. Mauri, J.-L. Gouzé, H. de Jong, and E. Cinquemani. Enhanced production of heterologous proteins
by a synthetic microbial community: Conditions and trade-offs. PLOS Computational Biology, 16(4):1–30, 2020.
Milias-Argeitis et al. (2016). Automated optogenetic feedback control for precise and robust regulation of gene expression and cell growth. Nat Commun, 7(12546)
Yegorov, I., Mairet, F., De Jong, H., & Gouzé, J. L. (2018). Optimal control of bacterial growth for the maximization of metabolite production. Journal of mathematical biology, 1-48.
Avantages
- Subsidized meals
- Partial reimbursement of public transport costs
- Leave: 7 weeks of annual leave + 10 extra days off due to RTT (statutory reduction in working hours) + possibility of exceptional leave (sick children, moving home, etc.)
- Possibility of teleworking (after 6 months of employment) and flexible organization of working hours
- Professional equipment available (videoconferencing, loan of computer equipment, etc.)
- Social, cultural and sports events and activities
- Access to vocational training
- Social security coverage
Rémunération
Gross Salary: 2653 € brutto per month
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Informations générales
- Thème/Domaine :
Modélisation et commande pour le vivant
Systèmes d'information (BAP E) - Ville : Sophia Antipolis
- Centre Inria : CRI Sophia Antipolis - Méditerranée
- Date de prise de fonction souhaitée : 2021-03-01
- Durée de contrat : 1 an, 8 mois
- Date limite pour postuler : 2021-03-07
Contacts
- Equipe Inria : BIOCORE
-
Recruteur :
Gouzé Jean-luc / Jean-Luc.Gouze@inria.fr
L'essentiel pour réussir
You are an ideal candidate for this position if you have a PhD in applied mathematics (or similar) with a background in the analysis of dynamical systems, preferably familiar with control theory; you are enthusiastic for multidisciplinary work, and have a strong motivation to work on applications in biology
Keywords: Coexistence, bioreactor, optimization, biological models, control, dynamical systems, computational biology, numerical simulation
Collaboration is planned with other INRIA teams (IBIS Grenoble) as well as biology laboratories.
Duration: 18 months
A propos d'Inria
Inria est l’institut national de recherche dédié aux sciences et technologies du numérique. Il emploie 2600 personnes. Ses 200 équipes-projets agiles, en général communes avec des partenaires académiques, impliquent plus de 3500 scientifiques pour relever les défis du numérique, souvent à l’interface d’autres disciplines. L’institut fait appel à de nombreux talents dans plus d’une quarantaine de métiers différents. 900 personnels d’appui à la recherche et à l’innovation contribuent à faire émerger et grandir des projets scientifiques ou entrepreneuriaux qui impactent le monde. Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a accompagné la création de plus de 180 start-up. L'institut s'efforce ainsi de répondre aux enjeux de la transformation numérique de la science, de la société et de l'économie.
Consignes pour postuler
Avant de candidater, il est fortement recommandé de contacter le responsable scientifique de préférence avant le 07 avril.
Sécurité défense :
Ce poste est susceptible d’être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST). L’autorisation d’accès à une zone est délivrée par le chef d’établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l’arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement.
Politique de recrutement :
Dans le cadre de sa politique diversité, tous les postes Inria sont accessibles aux personnes en situation de handicap.
Attention: Les candidatures doivent être déposées en ligne sur le site Inria. Le traitement des candidatures adressées par d'autres canaux n'est pas garanti.