Post-Doctorant F/H Modélisation de biofilms souterrains pour améliorer la séquestration de carbone

Le centre Inria de l’université de Bordeaux est un des neuf centres d’Inria en France et compte une vingtaine d’équipes de recherche. Le centre Inria est un acteur majeur et reconnu dans le domaine des sciences numériques. Il est au cœur d'un riche écosystème de R&D et d’innovation : PME fortement innovantes, grands groupes industriels, pôles de compétitivité, acteurs de la recherche et de l’enseignement supérieur, laboratoires d'excellence, institut de recherche technologique…

Dans le cadre d’un partenariat public Inria et l'IFPEN nous étudions l'interaction entre le milieu lithique, les communautés microbiennes présentes et le dioxide de carbone dans les sites de stockage de carbone en grand profondeur. Ces interactions créé des phénomènes biologiques, bénéfiques ou délétères, qui peuvent jouer un rôle clé dans l'efficacité et la fiabilité du capture en stockage de carbone (CCS).

Nous proposons de coupler deux codes existants à l'IFPEN et chez Inria pour développer un cadre commun de simulation de ces phénomènes. L'IFPEN dispose de codes de modélisation phénoménologique de chimiolithotrophie sous forme de système dynamique autonome non linéaire couplé, permettant la prédiction de l'effet biologique et les transformations. Inria dispose de codes de modélisation mécanistique des échanges métaboliques de grandes communautés, permettant la prédiction du potentiel de formation de biofilms et l'activation de fonctions biologiques.

Le lieu de travail principal sera le centre Inria de l'Université de Bordeaux, and les locaux de l'équipe-projet Pleiade.

Des déplacements ponctuels entre Bordeaux, Toulouse et Reuil-Malmaison pourraient être nécessaires et les frais de ces déplacements seront pris en charge dans la limite du barème en vigueur.

Missions : Avec l'aide de David Sherman (Inria) et Arnaud Pujol (IFPEN), la personne recrutée sera amenée à coupler deux codes existants de simulation, numérique du système dynamique en chimiolithotrophie, et logique du potential d'interaction métabolique. Ce couplage permettrait, à partir de grandes collections de taxa identifiés par étude de la littérature ou par échantillonnage, et de spécifications nutritionnelles déduites de l'analyse géologique, d'identifier par déduction logique des interactions métaboliques entre espèces et les fonctions biochimiques potentiellement réalisables. Les phénomènes ainsi identifiés fourniront le point d'entrée de la simulation numérique et à l'analyse de la sensibilité. Ces résultats numérique fourniront à leur tour le moyen d'identifier des objectifs biologiques dont la formation de biofilms, que notre système de déduction logique pourrait utiliser pour générer des ensembles de communautés minimales qui répondent aux objectifs.

Pour une meilleure connaissance du sujet de recherche proposé : des références scientifiques sur la modélisation métabolique sont disponibles à https://team.inria.fr/pleiade/

Collaboration : La personne recrutée sera en lien avec des experts de l'IFPEN en modélisation phénoménologique en milieu géologiques, et avec des équipes-projet Inria en modélisation de système biologiques.

Responsabilités : La personne recrutée aura la charge d'un développement logiciel et adoptera les bonnes pratiques de l'équipe dont l'intégration continue et la réproductibilité.

Principales activés :

• Développer des programmes informatiques de simulation numérique et logique
• Tester, aléliorer jusqu’à valider
• Réaliser des simulations
• Rédiger des rapports et des articles scientifiques

Activités complémentaires :

• Présenter l’avancée des travaux aux collègues partenaires
• Échanger avec des collaborateurs scientifiques
• Étudier la littérature scientifique

Compétences techniques : Une activité majeure dans ce travail est le développement de logiciels informatiques de modélisation et l'exécution de ces programmes sur des environnements de calcul Kubernetes et HPC. La personne recrutée doit être compétente en développement logiciel. Une connaissance des bonnes pratiques en génie logiciel per se serait un plus mais l'équipe forme et promeut ces compétences chez tous ces membres.

Langues : Les candidat·e·s doivent être à l'aise avec l'anglais scientifique et motivé·e·s pour publier leur résultats dans des revues scientifiques. L'équipe se sert de l'anglais et du français indifféremment.

Compétences relationnelles : La capacité de communiquer avec des collègues issus des sciences biologiques, chimiques et informatiques sera nécessaire, et la volonté d'écouter et d'apprendre de ces collègues sera une clé de succès.

• Restauration subventionnée
• Transports publics remboursés partiellement
• Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
• Possibilité de télétravail et aménagement du temps de travail
• Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
• Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
• Accès à la formation professionnelle
• Sécurité sociale

Le salaire sera de 2788€ brut par mois