Création d’un index distribué pour les données génomiques

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Type de contrat : CDD

Niveau de diplôme exigé : Bac + 5 ou équivalent

Fonction : Ingénieur scientifique contractuel

A propos du centre ou de la direction fonctionnelle

Le centre Inria d'Université Côte d'Azur regroupe 37 équipes de recherche et 8 services d’appui. Le personnel du centre (500 personnes environ) est composé de scientifiques de différentes nationalités, d’ingénieurs, de techniciens et d’administratifs. Les équipes sont principalement implantées sur les campus universitaires de Sophia Antipolis et Nice ainsi que Montpellier, en lien étroit avec les laboratoires et les établissements de recherche et d'enseignement supérieur (Université Côte d’Azur, CNRS, INRAE, INSERM ...), mais aussi avec les acteurs économiques du territoire.

Présent dans les domaines des neurosciences et biologie computationnelles, la science des données et la modélisation, le génie logiciel et la certification, ainsi que la robotique collaborative, le Centre Inria d’Université Côte d’Azur est un acteur majeur en termes d'excellence scientifique par les résultats obtenus et les collaborations tant au niveau européen qu'international.

Contexte et atouts du poste

Ce poste est proposé dans le cadre du projet OmicFinder, dont l'objectif est de créer un moteur de recherche pour indexer et interroger des séquences dans un grand nombre de bases de données génomiques.

Les données génomiques permettent des avancées cruciales en médecine, en écologie, en agronomie et en surveillance des océans. Une limitation majeure est qu’il est impossible d’interroger l’intégralité de ces données. L’objectif du projet OmicFinder est de lever ce verrou et de permettre l'exploitation complète et globale des séquences générées, permettant aux utilisateurs d'effectuer des requêtes dans les données de séquençage brutes à la volée afin d'exploiter au mieux les ressources disponibles dans les sciences de la vie.

Le candidat ou la candidate devra travailler dans l’équipe Zenith de l’Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique (Inria) à Montpellier. Plusieurs équipes d'Inria participent au projet et apportent des compétences en termes d'algorithmique, d'indexation, etc. Il y a aussi des partenaires externes qui participent aux développements algorithmiques et à la validation des résultats.

Mission confiée

La mission confiée à la personne recrutée est le développement d’un index distribué. Pour cela, elle s’appuiera sur un index centralisé existant, sur les approches de distribution développées dans l’équipe Zenith, et sur les nouveaux développements conjoints des équipes impliquées dans le projet OmicFinder pour définir les principes d’un index distribué destiné aux données génomiques.

Principales activités

Les principales activités de la personne recrutée sont les suivantes :

  • Étudier l’état de l’art sur les index pour les données génomiques.

  • Concevoir un index distribué pour de grands volumes de données génomiques.

  • Développer l’index conçu en collaboration avec les partenaires du projet.

  • Développer un système de requête pour interroger l’index.

  • Participer à la rédaction des articles scientifiques pour valoriser les résultats de recherche.

Compétences

  • Connaissance des index et des systèmes distribués.

Avantages

  • Restauration subventionnée
  • Transports publics remboursés partiellement
  • Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
  • Possibilité de télétravail et aménagement du temps de travail
  • Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
  • Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
  • Accès à la formation professionnelle
  • Participation mutuelle (sous conditions)

Rémunération

A partir de 2692 € brut mensuel (selon diplôme et expérience)