Post-Doctoral Research Visit F/M Individual-based modeling of coupled single-cell and population processes
Type de contrat : CDD
Niveau de diplôme exigé : Thèse ou équivalent
Fonction : Post-Doctorant
A propos du centre ou de la direction fonctionnelle
The Inria Saclay-Île-de-France Research Centre was established in 2008. It has developed as part of the Saclay site in partnership with Paris-Saclay University and with the Institut Polytechnique de Paris since 2021.
The centre has 39 project teams , 27 of which operate jointly with Paris-Saclay University and the Institut Polytechnique de Paris. Its activities occupy over 600 scientists and research and innovation support staff, including 54 different nationalities.
Contexte et atouts du poste
Inria is the French national institute for research in computer science, control, and applied mathematics promoting scientific excellence and technology transfer. The research topics of pour group are at the intersection of mathematical biology, statistics, control engineering, and statistical physics applied to problems in biology.
Mission confiée
This research project aims to better understand the mechanisms related to gene expression and plasmid
copy number fluctuations in a cell population with application to synthetic biology.
Modelling gene expression has been the subject of much interest in the literature. The models proposed are generally single-cell, and based on the central dogma of molecular biology, which describes a simplified scheme whereby instructions on DNA are transcribed into messenger RNA, which in turn is translated into proteins. In this scale, the environment is often assumed to be highly invariant and the number of molecules for each protein is small and therefore subject to considerable stochasticity. These numbers of molecules are modelled using continuous-time Markov chains (CTMC). In the scale of the demography, this individual dynamics becomes rapid and can be approximated by continuous models like ODEs. In addition, it becomes essential to take into account the unequal sharing of all this molecular content at the time of cell division. This mechanism is well known to enhance the heterogeneity of gene expression at the population level. How to develop models that capture all these aspects while remaining analytically or numerically tractable is an open research question and will be the focus of this project.
Principales activités
- Develop an individual-based modeling framework that can be used to understand coupled single-cell and population processes.
- Develop approaches to mathematically analyse individual-based models and to numerically simulate them.
- Make use of single-cell microscopy data of our collaborators to parameterize a model of a synthetic gene circuit in bacteria.
- Use the model to study how the burden for cells created by the synthetic gene circuit affects emerging population growth rates.
Compétences
- Strong programming and mathematics skills.
- Prior experience with single-cell microscopy data.
- Prior experience with stochastic individual-based models.
Avantages
- Subsidized meals
- Partial reimbursement of public transport costs
- Leave: 7 weeks of annual leave + 10 extra days off due to RTT (statutory reduction in working hours) + possibility of exceptional leave (sick children, moving home, etc.)
- Possibility of teleworking and flexible organization of working hours
- Professional equipment available (videoconferencing, loan of computer equipment, etc.)
- Social, cultural and sports events and activities
- Access to vocational training
- Social security coverage
Rémunération
According to profile
Informations générales
- Thème/Domaine :
Modélisation et commande pour le vivant
Biologie et santé, Sciences de la vie et de la terre (BAP A) - Ville : Palaiseau
- Centre Inria : Centre Inria de Saclay
- Date de prise de fonction souhaitée : 2024-11-01
- Durée de contrat : 2 ans
- Date limite pour postuler : 2024-10-31
Attention: Les candidatures doivent être déposées en ligne sur le site Inria. Le traitement des candidatures adressées par d'autres canaux n'est pas garanti.
Consignes pour postuler
Sécurité défense :
Ce poste est susceptible d’être affecté dans une zone à régime restrictif (ZRR), telle que définie dans le décret n°2011-1425 relatif à la protection du potentiel scientifique et technique de la nation (PPST). L’autorisation d’accès à une zone est délivrée par le chef d’établissement, après avis ministériel favorable, tel que défini dans l’arrêté du 03 juillet 2012, relatif à la PPST. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement.
Politique de recrutement :
Dans le cadre de sa politique diversité, tous les postes Inria sont accessibles aux personnes en situation de handicap.
Contacts
- Équipe Inria : LIFEWARE
-
Recruteur :
Ruess Jakob / jakob.ruess@inria.fr
L'essentiel pour réussir
A CV that demonstrate strong scientific skills.
A propos d'Inria
Inria est l’institut national de recherche dédié aux sciences et technologies du numérique. Il emploie 2600 personnes. Ses 215 équipes-projets agiles, en général communes avec des partenaires académiques, impliquent plus de 3900 scientifiques pour relever les défis du numérique, souvent à l’interface d’autres disciplines. L’institut fait appel à de nombreux talents dans plus d’une quarantaine de métiers différents. 900 personnels d’appui à la recherche et à l’innovation contribuent à faire émerger et grandir des projets scientifiques ou entrepreneuriaux qui impactent le monde. Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a accompagné la création de plus de 200 start-up. L'institut s'efforce ainsi de répondre aux enjeux de la transformation numérique de la science, de la société et de l'économie.